臓器の移植に関する法律の成立とともに、臓器提供の意思を表示する手段として、臓器提供意思表示カードが配布されるようになった。また、臓器のあっせんを行う機関として、厚生労働省の認可により、社団法人日本臓器移植ネットワークが発足した。
1999年2月、この法律に基づく脳死移植が初めて行われた。高知県内の高知赤十字病院に入院中の脳死の患者より、本人の意思表示並びに家族の承諾に基づいて、心臓、肝臓、腎臓、角膜が移植された。この移植の際は、マスコミ各社が関係の病院に大挙して押し掛け、臓器を輸送する車をヘリで追跡するなどの行き過ぎた取材が見られるほど、大きく取り上げられた。
以後、毎年5件前後の脳死移植が行われている。
しかしながら、移植を希望し登録している患者は増加する一方であり移植を受けられずに死亡するケースも多い。また、海外へ移植を受けるために渡航する患者が後を絶たない。特に、15歳未満の子供の脳死後の臓器提供については、日本では法的に不可能なため、移植が必要な子供は、提供臓器のサイズなどの問題から海外へ渡航せざるを得ず、数千万円に及ぶ高額な医療費を工面するための募金活動が行われることが多いが、一部のインターネットコミュニティで募金詐欺の疑いをかけられることも発生するようになった。これら海外へ渡航しての臓器移植については一部のケースで臓器売買にあたるのではないかという疑いがある。また自国の患者は自国で治療するべきという原則の下に国際的な批判もあり、早急な法律改正が望まれている。
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「臓器の移植に関する法律」は法律施行後3年を目処に見直すことになっていたが10年以上過ぎた現在でも改正されていない。議員立法であった法律成立の過程に配慮してか、行政府は改正案を出さずに議員有志の改正案作成に委ねているというのが現状である。自民党の河野太郎議員や山内康一議員などが中心として法律改正に向け積極的な活動をしており、自民党執行部も前向きな姿勢を見せている。